Dolegliwości układu kostno - stawowego spowodowane są często stanami zapalnymi, którym towarzyszy ból. Na przewlekłą artrozę i reumatyczny przebieg artretyzmu cierpi ponad 50% wszystkich osób dorosłych. Kwasy tłuszczowe omega 3 przyczyniają się do złagodzenia stanów zapalnych i dolegliwości na tle reumatycznym. Do powstawania zmian reumatycznych w stawach przyczyniają się czynniki immunologiczne. Istnieją przypuszczenia, że niektóre składniki pożywienia sa w stanie skierować uwagę układu immunologicznego na tkankę łączna w stawach. Przy pewnego rodzaju genetycznych skłonnościach komórki na jej powierzchni wytwarzają receptory, które rozpoznają swój własny układ odpornościowy jako obce antygeny. Następstwem tego procesu jest tzw. autoagresja, której przebieg może mieć bardzo poważne skutki. Kwasy tłuszczowe omega 3 mogą zapobiec temu procesowi. Kwasy tłuszczowe omega 3 EPA i DHA wypierają z lipidowej membrany komórki kwas arachidonowy przyczyniając się do powstania stanów zapalnych, a budowa szkodliwych eikozanoidów II zostaje zahamowana.
Pozytywne działania oleju rybiego zwiększyć można przez ograniczenie obecności kwasów tłuszczowych omega 6. Dotyczy to orzechów, roślin strączkowych, bogatych w tłuszcze mięs, kiełbas, jajek oraz produktów mącznych.
Osteoporoza jest to choroba polegająca na stopniowym zaniku kości, przy jednoznacznym zaburzeniu równowagi między budową a niszczeniem kości. W skutek ciągłego niedoboru wapnia kość staje się coraz bardziej porowata, aż w końcu przy najmniejszej okazji łamie się. Według statystyk, co czwarta kobieta w wieku ponad 50 lat jest dotknięta osteoporozą. Także przy osteoporozie kwasy tłuszczowe omega 3 wykazały się skutecznym uzupełnieniem pożywienia. Systematyczne zażywanie EPA i DHA podwyższa wchłanianie wapnia w jelitach. Po za tym stymulują one pracę odpowiedzialnych za budowę kości komórek i hamują komórki niszczące kości. Te warte uwagi wyniki badań sa jednak lekceważone przez środowisko lekarskie. Należy pamiętać, że zażywanie tłuszczów omega 3 jest zalecane już przy pierwszych objawach osteoporozy.